O Honda CR-Z Mugen RZ é um veículo raro e especial, que representa o auge do potencial deste coupé desportivo híbrido. Lançado oficialmente no final de 2012, tratava-se de um «carro completo» de edição limitada desenvolvido pela Mugen, a divisão interna da Honda dedicada à afinação e às corridas.
A principal melhoria em relação ao CR-Z de série é a adição de um compressor centrífugo. Isto aumentou a potência do motor a gasolina de 120 cv para 156 cv e, quando combinado com o motor elétrico de 20 cv, a potência líquida do sistema atingiu um total de 174 cv. Isto transformou a experiência de condução, conferindo ao coupé leve o «poder» que muitos sentiam que lhe faltava.
Para lidar com a potência extra, a Mugen não se limitou a atualizar o motor. Equipou-o com uma suspensão ajustável em 5 níveis e um sistema de travagem de alto desempenho com discos dianteiros maiores de 300 mm, o que melhorou significativamente a manobrabilidade e a potência de travagem.
O Mugen RZ era mais do que apenas um pacote de desempenho; era uma afirmação visual. Estava disponível exclusivamente em Azul Celeste Metalizado e apresentava um kit de carroçaria agressivo, testado em túnel de vento. Este incluía um spoiler dianteiro ajustável com luzes LED, saias laterais pronunciadas e um aerofólio traseiro em plástico reforçado com fibra de carbono (CFRP).
No interior, o tema continuava com bancos desportivos azuis e pretos, um volante especial com costuras azuis e um manómetro de pressão montado no painel de instrumentos para que o condutor pudesse monitorizar a pressão do compressor. O CR-Z Mugen RZ representou o auge da colaboração entre a Honda e a Mugen na plataforma híbrida antes de o modelo ter sido eventualmente descontinuado. Foi um vislumbre do que um coupé desportivo híbrido de alto desempenho poderia ser.